PyMOL 是由 Schrödinger 维护和分发的用户资助的分子成像系统。
应用介绍
分子成像程序在许多科学领域(如计算化学和结构生物学)中成为了非常有价值的工具。它们使我们能够以实验室中无法实现的细节和定制化程度来可视化和分析蛋白质、核酸和小分子等分子的结构。
如今,通过计算机可以从专业网站(例如蛋白质数据库 (PDB))下载成千上万的蛋白质结构,并使用程序来可视化它们,旋转结构,缩放感兴趣的原子,计算距离等,只需几个简单步骤。
这些工具帮助我们理解分子结构与功能的关系,可以用于药物设计和优化、研究蛋白质-配体相互作用,并获得蛋白质及其基本结构特征的直观表示。
使用分子成像软件的一些好处包括提高我们对分子三维结构的理解,从而揭示系统功能所必需的结构特征。另一个重要点是可以通过分子动力学 (MD) 模拟观察系统的动态演变。最后,它们可以用于为您的出版物或演示文稿创建高质量的图像和影片。
在本教程中,我将介绍 PyMOL 的基础知识,这是一款著名的分子成像软件,使您能更好地理解其整体功能。
界面主要由三个部分组成。显示区域用于加载分子后进行显示和操作。默认情况下,可以通过鼠标(左键、右键、滚轮)或触控板(左键、右键、Ctrl+点击)进行旋转、缩放和移动。
这是一个用于渲染和动画3D结构的综合软件包。
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